2026 Naval Medical University Synthetic Biology Challenges

BioLink-DES

“肠益明”——肠眼轴微生态调控系统

改造益生菌 E. coli Nissle 1917,通过双输入逻辑门感知肠道炎症, 按需生产丁酸,精准调控肠-眼轴,从根源修复眼表稳态。

智能感知 精准生产 本质安全
团队:任远航、陈骁
肠道炎症感知 丁酸按需释放 环境零风险设计

干眼症:被忽视的“流行病”

高频、慢性、易复发,但传统治疗依然停留在“补水”和“压炎”的局部策略。 真正的问题不是暂时缓解,而是如何恢复眼表稳态与泪膜系统本身。

30% 中国人群患病率

干眼症已成为影响学习、工作与生活质量的常见慢性眼表疾病。

为什么现有方案难以长期解决问题?

干眼的核心并不只是“眼睛干”,而是炎症、免疫失衡、屏障破坏与泪膜稳态失控共同驱动的系统性问题。 如果治疗只停留在眼表局部,往往难以打断疾病循环。

高频复发 症状缓解后仍易反跳
炎症持续 眼表免疫紊乱难以根治
依从性差 频繁滴药影响长期管理
Conventional Option 01

人工泪液

  • 物理湿润,无法修复泪液自主分泌能力
  • 长期使用可能稀释天然泪液,破坏泪膜稳定性
  • 部分制剂含防腐剂,可能进一步损伤角膜上皮
  • 容易形成“越滴越干”的恶性循环
Conventional Option 02

抗炎药

  • 激素类药物可能诱发青光眼、白内障等风险
  • 长期使用会干扰眼表局部免疫稳态
  • 对症压炎,难以从系统层面重建眼表环境
  • 不适合作为长期高频管理方案

现有疗法,治标不治本。

Scientific Breakthrough

肠-眼轴:全新的治疗维度

肠道菌群与眼表微环境并非彼此独立。短链脂肪酸、免疫细胞迁移和炎症介质重塑, 共同构成了肠道到眼表的远程调控通路。与其在眼表末端“被动灭火”,不如在肠道源头“主动调控”。

当肠道菌群稳态被打破,促炎因子、LPS 和免疫失衡可通过系统性途径放大眼表炎症; 而丁酸等代谢产物则能增强黏膜屏障、诱导 Tregs 分化、抑制炎症通路,为干眼治疗提供更具本质性的入口。

双向调节 肠道炎症状态会影响眼表免疫,而眼表炎症又可被系统性免疫变化放大。
代谢物中继 短链脂肪酸尤其是丁酸,是连接肠道稳态、免疫耐受与眼部炎症抑制的重要桥梁。
参考文献 [3]:Song J. et al. What is the impact of microbiota on dry eye: a literature review of the gut-eye axis. BMC Ophthalmology, 2024.

BioLink-DES 智能微生态调控系统

以工程益生菌 EcN 为底盘,围绕“感知—生产—防泄漏”三层能力搭建一个可编程、可转化、可验证的肠道治疗系统。

Module 01

智能感知

双输入逻辑门同时识别肠道炎症信号 H₂O₂NO₃⁻, 只有在病灶环境中才精准启动下游通路,降低误触发与背景泄漏。

Engineered EcN 1917
Module 02

精准生产

在炎症信号被确认后,系统按需合成 丁酸, 诱导 Tregs 分化并抑制眼表炎症,实现从肠道源头到眼部终端的协同调控。

Module 03

本质安全

通过 温控自杀开关LacI 转录收紧 实现双保险: 37℃ 肠道环境正常工作,<36℃ 自动失活与清除,最大限度降低环境泄漏风险。

核心技术解析

三个模块并不是并列堆砌,而是围绕临床问题顺序衔接:先识别真实病灶,再生产有效分子,最后确保系统不会离开人体环境持续存在。

双输入逻辑门

H₂O₂ 与 NO₃⁻ 同时出现,系统才会真正启动

我们将肠道炎症环境中的两类标志信号分别接入 T7 RNA 聚合酶的两个片段: 只有在 ROS 与硝酸盐同时升高时,N-T7 与 C-T7 才通过亮氨酸拉链介导自组装,恢复具有活性的 T7 聚合酶。

  • PoxyS 响应氧化应激信号 H₂O₂,提供第一层病灶特异性。
  • PnirB 响应硝酸盐信号 NO₃⁻,反映炎症微环境中的代谢改变。
  • Leucine zipper 使两个片段发生蛋白级装配,从“转录触发”升级为“逻辑确认”。
  • 只有完整 T7 RNAP 出现时,下游 Pt7 启动子才会驱动丁酸通路,降低误启动。
乙酰-CoA → 丁酸

把肠道底物定向转化为抗炎性最强的短链脂肪酸之一

丁酸是结肠上皮的重要能量来源,也是眼表炎症干预的关键候选分子。 我们引入 thl、hbd、crt、bcd / but 等关键酶,建立从乙酰-CoA 到丁酸的连续通路,让工程菌在需要时原位生产有效代谢物。

  • thl:将两分子乙酰-CoA 缩合,打开丁酸合成入口。
  • hbd / crt:完成中间体转换,形成丁酰前体。
  • bcd / but:将丁酰辅酶 A 进一步转化并释放为丁酸。
  • 产物可增强肠道屏障、诱导 Tregs 分化,并通过肠-眼轴抑制眼表炎症。
双重安全锁

37℃ 存活工作,低于 36℃ 自动死亡;再叠加 LacI 防泄漏

为了让工程菌只在人体肠道环境中存在,我们引入基于 TlpA36–MazE/MazF 的温控自杀开关。 同时,LacI 会持续压制可能存在的弱泄漏表达,只有足量 T7 活性形成时才允许真正产出。

  • 37℃:TlpA36 无活性,MazE 正常表达,中和细胞内 MazF,工程菌维持存活。
  • <36℃:TlpA36 激活,抑制 MazE,MazF 失去中和后累积并触发死亡。
  • LacI 转录收紧:进一步锁住 Pt7,避免逻辑门微量漏表达造成误启动。
  • 实现“人体可用、环境失活”的本质安全边界,适合真实转化场景。

实验验证与文献支撑

方案不是停留在概念层。我们同时建立文献证据链和分阶段实验验证路径,确保“机制合理—产物有效—系统安全”三者闭环。

Schaefer et al. 2022

口服丁酸可抑制眼表炎症基因表达

在干燥应激小鼠模型中,三丁酸甘油酯干预可降低结膜中 I 型干扰素相关炎症基因表达, 并改善角膜屏障功能,提示口服丁酸前体可缓解眼表损伤。

一句话解读: 口服丁酸相关处理不仅改善表型,更直接下调炎症信号通路。
Chen et al. 2021

丁酸显著降低眼内炎症因子与炎症细胞浸润

在 LPS 诱导的眼内炎症模型中,丁酸处理可显著降低炎症评分、减少 CD45+ 细胞浸润, 并下调房水中 IL-6、CCL2 等关键炎症因子。

一句话解读: 丁酸不仅对眼表有效,也能在更深层次的眼部炎症场景中发挥抗炎作用。

三阶段实验计划

先验证电路是否可靠,再验证分子是否跨越屏障发挥免疫作用,最终进入整体动物模型评估疗效与安全。

in vitro cell model animal study
Phase 1 体外验证

逻辑门、丁酸产量与自杀开关基础验证

  • 逻辑门功能验证:双输入协同激活曲线
  • 丁酸产量测定:GC-MS 定量
  • 温控开关验证:温度—存活率曲线
协同激活 产量 ≥ 1mM 死亡率 > 99.9%
周期:4–6 周
Phase 2 细胞模型

屏障穿越、免疫归巢与直接抗炎作用验证

  • Transwell 体系评估丁酸跨屏障能力
  • Treg 迁移实验验证免疫归巢增强
  • 眼表细胞炎症模型验证直接抑炎效果
丁酸穿越 Treg ↑ 3× 炎症因子下降
周期:5–7 周
Phase 3 动物实验

干眼模型建模、药效验证与体内安全评估

  • BAC 诱导法建立干眼模型
  • 泪液分泌恢复、炎症因子检测、眼表评分
  • 环境清除与体内自杀开关有效性验证
泪液恢复 ≥ 50% 炎症因子下降 清除率 > 99.9%
周期:8–10 周

智能制剂:从实验室到床边

将工程菌真正变成可口服、可递送、可定植的制剂,是把合成生物学方案推向临床场景的关键一步。

外层:生物粘附层(壳聚糖)

作为第一道保护层,维持胶囊在胃部环境下的完整性,减少胃酸与机械破坏对载菌结构的影响。

中层:多孔基质(羟丙甲纤维素)

负载微球并在结肠环境中溶胀,形成“第二道防线”,避免工程菌在到达靶部位前被快速释放或冲刷流失。

内核:海藻酸钠微球

封装冻干工程菌 EcN,实现长效缓释;同时为细胞提供更稳定的微环境,提高递送后存活与定植概率。

亮点:可进一步进行巯基化修饰(如 CMC-SH),通过与肠道黏液层糖蛋白形成二硫键增强黏附定植, 延长菌体滞留时间,支撑连续、稳定、低频的动态治疗。

未来展望:从干眼症到全身健康调控

BioLink-DES 不只是一个单一适应症的治疗方案,更是一个可扩展的合成生物学平台:输入端可升级、输出端可替换、应用端可迁移。

Future 01

技术迭代

  • 多输入逻辑门:从双输入升级为三/四输入,提高疾病场景识别精度
  • 负反馈调控:根据丁酸浓度自动限幅,减少过量表达风险
  • 模块化插件:快速替换传感器、产物与安全模块,适配不同疾病
Future 02

应用拓展

肠-脑轴 · 抑郁 肠-皮轴 · 皮炎 肠-关节轴 · 类风湿 代谢疾病
  • 以“肠道感知—代谢干预—系统调控”为统一框架横向迁移
  • 通过更换输出分子,实现针对不同轴向疾病的精准治疗
Future 03

社会价值

  • 减少约 90% 给药次数,提升长期治疗依从性
  • 避免激素引发的青光眼等潜在风险,提升安全边界
  • 降低门诊频次、并发症干预与长期医疗支出
  • 温控自杀开关帮助实现环境安全与真实转化可行性

发展路线图

2026–2027

体外验证:逻辑门、电路响应、丁酸产量与安全开关定量表征。

2027–2028

制剂开发:胶囊体系、微球封装、黏附修饰与结肠释放优化。

2028–2030

临床前研究:药效学、毒理学、安全边界与转化路径评估。

2030+

上市推广:适应症扩展、产业合作、规模化生产与临床应用。

我们的团队

从临床问题抽象、基因线路设计到制剂转化路径搭建,我们以“面向真实应用”的方式组织这个项目。

任远航

项目负责人 · 系统整合

负责项目整体构想、疾病场景定义、叙事结构与实验逻辑整合, 协调“机制设计—验证路径—应用转化”三条主线形成统一方案。

陈骁

基因线路设计 · 验证规划

负责双输入逻辑门、安全防泄漏模块与丁酸通路的设计优化, 并参与分阶段实验验证体系与产品递送方案的技术论证。